这是一个非常重要的问题，学术界也非常重视。关于氢气效应的发现，有许多传奇故事，特别是德国和法国神奇泉水，这些故事对传播氢气医学效应发挥了一定作用，但氢气医学的真实过程并不是那么梦幻，是一个充满曲折和艰难的历史。学术上一般认为，2007年日本学者太田成男教授课题组较早发现的氢气医学效应。不过具体什么时候甚至什么人发现氢气疾病都是很难回答的问题，有三个相关信息需要了解。1975年美国学者在《科学》杂志上发表论文，证明连续吸入8个大气压（）对皮肤鳞状细胞有作用，这一研究是根据氢气抗氧化效应，但研究者认为氢气的还原作用比较弱，采用高压吸入氢气实现足够剂量产生效果。2001年法国潜水医学学者曾开展氢气对血吸虫诱导的肝纤维化效果的研究，可以说再次验证了高压氢气的作用。但是高压氢气医学效应只能算概念验证，很难进行日常的应用。后来发现小剂量效应与这个并没有必然连续，2009年前氢气医学研究文献没有引用上述文献就是重要的证据。
氢是化学元素周期表中的个元素，氢气是自然界已知的小的分子，一般以气体状态存在，氢气因为分子量小所以比空气轻，可以充成氢气球作为运载和飞行工具，氢气运动速度快，身透力强，高温高压下可以穿透十几厘米厚的钢板。穿透力强是氢气一个重要特点，因为这个特点，氢气比较难以储存，因此将氢气溶解在水里以后，如果想长期保持氢水里的氢气浓度，需要用铝合金材料来制作包装，其他钢材和玻璃、塑料等都不能防止氢气逃逸。另外一个方面，因为氢气非常小和穿透力强，它进入人体以后非常容易到达身体的各个部位及组织细胞内部，比如氢气可以到达细胞内的线粒体等细微结构，从根本上调整细胞状态，这个自然界小的分子优势是很多药物无法实现的。
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